JMol Molekül-Modelle

Beispiel für ein spezialisiertes Java-Applet

LinkTo Signed Applet

Auf dieser Seite wird ein Java Applet-Programm vorgestellt, welches die interaktive Lösung geometrischer Aufgaben bietet.

Dieses hervorragend programmierte Applet demonstriert Live einige der besonderen Möglichkeiten und Vorteile von Java: Lösung von Aufgaben auf professionellem Niveau, mit hervorragendem User-Interface, integriert in Webseiten.

Java	Starker Kaffee
JMol Applet	Exakte Geometrie, spielerisch bedienbar
JMol Interaktiv	Interaktive Steuerung mit HTML + JavaScript
Projekt JMol	Professionell, rfolgreich und zukunftsträchtig
Programmierung	Verwendung des Applets in eigenen Webseiten
Demo	Weitere Applet-Beispiele: Rubik-Würfel, GeoGebra (Kalkulation+Grafik)

Java-Applet: JMol
	Coffein Das Applet stellt ein Coffein-Molekül dar. Die Substanz ist als Wirkstoff in Tee und Kaffee enthalten. Das Applet wird hier in seiner einfachsten Form verwendet. Bewegen sie das 'Ball-and-Stick' Modell mit der Maus ! Die Daten (Atome und ihre XYZ-Positionen) stammen aus einer kleinen Text-Datei caffeine.xyz Chemiker verfügen über die Struktur-Daten einer ungeheuren Anzahl von Molekülen, Ionen, Kristallgittern usw, die meist in großen Datenbanken verwaltet werden. Die Grafik wird automatisch zentriert und skaliert, d.h. die Größe an den verfügbaren Platz angepasst. Die verwendeten Farben sind allgemein üblich und für ChemikerInnen verständlich, z.B. ● Grau für C (Kohlenstoff), ● Blau für N (Stickstoff), ● Rot für O (Sauerstoff) und ● Weiß für H (Wasserstoff).
Formel-Darstellung von Coffein (engl. Caffeine): Ihr Browser kann keinen iframe anzeigen.<br /> Link zum <a href="caffeine.svg">Inhalt</a><br />	♣ Aufgabe für Nicht-ChemikerInnen: Drehen sie das 3D-Modell so, dass die Orientierung mit dieser Standard-Darstellung der Strukturformel ungefähr übereinstimmt. ► Die Formel wird als → SVG-Objekt-Grafik dargestellt. Alle modernen Browser verwenden diese Technologie. Wenn ihr (M$IE)-Browser keine Grafik anzeigt, dann sollten sie den Ersatz durch einen modernen Browser überlegen, der technisch überlegen, schneller und sicherer ist...

JMol
Geschichte des Projekts Es gibt einige Vorläufer dieses Projekts, die mittlerweile jedoch in Funktionalität und Bedeutung weit übertroffen wurden. Der erste genannte Entwickler von Jmol ist Dan Gezelter (Bild, Professor an der Univ. Notre Dame, Indiana, USA). Ein Datum wird leider nicht angegeben, der Projekt-Start dürfte zwischen 1990 und 2000 liegen. Seither wurde das Projekt mehrfach von anderen Leitern übernommen und - wie bei OpenSource Projekten üblich - von vielen EntwicklerInnen ergänzt.	Jmol ist ein spezialisiertes Werkzeug und hat sich auf dem Gebiet der 3D-Darstellung von Molekülen den ersten Platz erobert. ● Das Programm bzw. Applet wird in seiner Standard-Version von allen größeren Webs eingesetzt, die mit Molekülen, Biomolekülen, Polymeren oder Kristallen zu tun haben, insbesondere von Datenbanken. ● Die Spezialfunktionen, eine eigene Script-Programmiersprache und die besonderen interaktiven Optionen werden in zahlreichen kleineren, jedoch stärker spezialisierten Anwendungen verwendet.
Betriebssysteme Die verwendete Programmiersprache Java bewirkt, dass es stets nur eine einzige Version von JMol gibt, die man auf allen gängigen Betriebssystemen ohne Änderung einsetzen kann. Einzige Voraussetzung ist die Installation von Java (JRE, kostenfrei von Sun).	Webseiten Jmol eignet sich ideal zur Integration in Webseiten. Auch in modernen Web2-Programmen (Wikis, Content Management Systeme CMS, GroupWare, etc.) lassen sich die Applets gut verwenden. Dazu gibt es eine Menge von Zusatz-Software, bzw. lassen sich deratige PlugIns mit geringen Programmier-Kenntnissen (→ PHP) rasch entwickeln.
Jmol Das Projekt-Web wird von Sourceforge verwaltet, einem der größten FreeWare-Archive. Das Projekt führt ein eigenes Jmol-Wiki	Wikipedia: Jmol Die Internet-Suche nach Jmol ergibt derzeit (2010) ca. 300000 Treffer.

Programmierung
Download Laden sie aus dem Internet die aktuelle stabile Version von Jmol. Das Applet umfasst mehrere Dateien, die zu Java-Achiven *.jar komprimiert sind.	Folgen sie der jeweiligen Dokumentation. Das Web der Hersteller ist umfangreich. Die Dokumentation der zahlreichen Optionen ist gut und mit (Live)-Beispielen ergänzt.
HTML-Programmierung • Erzeugen sie eine Webseite, in welche das Applet eingebettet werden soll. • Kopieren sie alle Applet-Dateien JmolApplet0_.jar in das gleiche Verzeichnis wie die Webseite. • Kopieren sie eine Datei mit den Atom-Koordinaten .xyz in das gleiche Verzeichnis, z.B. die hier verwendete Datei benzol.xyz • Das Applet kann Koordinaten-Dateien zahlreicher Formate ekennen, die in Biologie, Biochemie, Chemie, Kristallografie etc. verwendet weden. • Setzen sie den rechts gezeigten HTML-Quelltext an der gewünschten Stelle der Webseite ein.	Der HTML-Quelltext zur Anzeige dieses Applets: <applet code="JmolApplet" archive="JmolApplet.jar" style="width:100%; height:320px;"> <param name="bgcolor" value="#333"> <param name="progressbar" value="true"> <param name="script" value="load benzene.xyz;"> </applet> • Ändern sie den Text, passend zu ihren Bedingungen. Folgen sie insbesondere den Anweisungen ihrer Jmol-Version und ersetzen sie den Namen der *.xyz Koordinaten-Datei.
Javascript-Programmierung • Zur interaktiven Programmierung steht die umfangreiche Bibliothek Jmol.js zur Verfügung. Diese Datei wird bereits im <head> der Webseite eingebunden. • Das Applet erhält ein Name-Attribut mit einem eindeutigen Namen (hier mol). • Die interaktive Steuerung kann durch verschiedene Javascript-Programme erfolgen. Hier wird die Anweisung 'spacefill 50%' beim Klicken eines Links an das Applet gesendet.	Einbindung der JMol-Javascript-Bibliothek Jmol.js : <script type="text/javascript" src="Jmol.js"></script> Applet mit Name-Attribut: <applet name="mol" archive="JmolApplet.jar"> </applet> Steuerung mit einem HTML-HyperLink: <a href="javascript:document.mol.script('spacefill 50%')"> Klick </a>

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